Il Protocollo è un software per l’archiviazione e la catalogazione elettronica dei documenti e della corrispondenza in senso generale ricevuta e spedita, oltre ad essere un software vero e proprio si lega in modo diretto a Gestione Cantieri nell'integrazione della documentazione registrata. L'obiettivo principale del Protocollo è quello di snellire il cartaceo in ufficio evitando così scrivanie piene e disordinate, avere insomma tutto in un unico archivio digitale facilmente consultabile, rilegando così il cartaceo solamente in archivio. Il software si articola principalmente in due aree: Ricevuta (in entrata) e Spedita (in uscita); ad incrementare le funzionalità è presente anche un controller per inserire e monitorare più rapidamente.